본래 고조선의 땅이었다가 삼한시대에 마한에 속했으며, 삼국시대에 파주를 백제와 고구려가 번갈아 가면 차지했다가, 475년에는 고구려에 속하게 되었다. 또한 고려 의종 24년(1170년) 정중부를 비롯한 무신들이 반란을 일으킨 보현원이 바로 옛 장단군 지역이다. 지금의 명칭은 조선 세조(1459년)에 부여된 것인데 이곳이 왕비의 친정이 있는 마을이었기 때문에 그전까지 원평도호부로 불리던 이 지역을 ‘목’으로 승격시키고 명칭도 파주로 고친 것이다. 또한 파주(坡州)를 해석하면 ‘둑 위의 마을, 둑과 제방이 많은 마을 또는 둑, 제방 역할을 하는 마을’이란 뜻으로도 해석할 수 있다.