1999년 9월부터 2000년 6월까지 공동으로 2차 발굴조사를 실시하여 10세기말 이후의 건물지로 추정되는 15여 동에 이르는 건물지를 확인함에 따라 가람 배치에 대한 기초 자료를 수집해 나갔고 이후 2000년 10월부터 2001년 5월까지 기전문화재연구원 단독으로 가-2·3 건뭊리의 동쪽에 위치했던 민가 범위에 대한 3차 시굴조사를 시행하였고 이 지역까지 사역이 확장됨을 확인하여 기전문화재연구원에서는 이 지역에 대한 확장 및 보완 조사로 4차 발굴조사를 실시하게 된 내용
1998년을 시작으로 금년에 이르기까지 5차에 걸친 시굴 및 발굴조사가 진행되어 발굴조사결과 동쪽 시내에 인접하여 사역의 경계를 보여주는 석렬이 노출되었으며, 그 앞쪽에는 요사채로 추정되는 건물지 6동이 노출되었는데, 이가운데 구들과 마루의 흔적이 남아있는 건물지도 포함되어 있고 이밖에도 보완조사지역에서 탑지 1기가 추가로 발굴되어 , 가람배치의 변화를 읽는데 중요한 자료를 제공하는 내용
1998년을 시작으로 6차에 걸친 시굴 및 발굴조사가 진행되었고 기조사된 고달사지 연도별 사업내용 및 발굴조사 성과는 발굴조사 결과 가-1 건물지의 동쪽으로도 사역이 형성되어 있음을 알 수 있고 일부 지역에 한해 리말려초에 조영된 것으로 추정되는 유구가 확인되었다는 보고서
나말려초에 창건된 이후 법안종 및 천태종의 영향을 받으며 유지되어 오다가 17세기를 전후하여 폐사된 것으로 추정되는 고려시대 대표적인 지방선종사원인 고달사에 대하여 2005년부터 2006년까지 실시한 6차 발굴조사와 기조사지역에 대한 보완조사, 2012년에 실시한 7차 발굴조사결과를 종합한 것임